Kurz zur Einleitung:
Unser Firmensitz ist in Ö, unser Hauptkunde sitzt in D und bekommt die Rechnungen ohne MwSt.

Es gibt jedoch ein Produkt welches nach Österreich geliefert wird aber die Rechnungen an unseren Hauptkunde nach Deutschland geschickt wird! Daher brauche ich für dieses eine Produkt eine Rechnung mit MwSt.

Kann ich dies irgendwo einstellen, dass ich für dieses Produkt eine MwSt. Rechnung benötige?

Vielen Dank!

Aus dem Sachverhalt muss man sich die Grundlagen erschliessen: demnach hast du den Kunden unter Konditionen angehakt, dass er eine Nettorechung bekommt, damit dein geschildertes Problem auftauchen kann. Ist es so?
Zudem äussert Du dich gar nicht über die Art der EU steuerrechtlichen Verhältnisse. Die ausser acht gelassen:

Nimm den Nettorechnung Haken raus dem Kunden und später wieder rein oder. Das mußt du verfolgen. Spätestens bei Zahlungseingang darauf achten. Nach der Buchung ist es egal für die einzelne Rg, ob der Haken bei Kunde Konditionen Nettorechnung steht.

Für einzelne Artikel kann man nie festlegen, ob mit oder ohne MWST berechnet, macht ja auch keinen Sinn. ۝ ➽► Anpassung von Vorlagen & Beratung per PN über Deine Geschäftsadresse ◄ ۝

für soclhe Fälle würde ich den Kunden ein zweites Mal im Kundenstamm anlegen, wo der enstprechende Haken für Nettorechnung nicht gesetzt ist.