Aktuell kommt nach dem Versuch des abholens:
1. Meldung: ...es wurden keine artikel abgeholt....
2. Meldung: ...Bitte überprüfen Sie ihre logindaten etc...

errorlog des servers:

[Tue Oct 01 06:35:55 2013] [warn] [client xyz] mod_fcgid: read data timeout in 40 seconds
[Tue Oct 01 06:35:55 2013] [error] [client xyz] Premature end of script headers: shopware.php

Hast Du einen Server - Admin, der das für Dich einstellen könnte? Ansonsten gibt es hier ein paar Details:
http://o-o-s.de/2010-12-12/mod_fcgid-read-data-timeout-in-40-seconds
oder
http://www.debianroot.de/server/apache2-fastcgi-scripte-brechen-nach-40-sekunden-ab-1114.html

Unabhängig davon: Hast Du einen Testshop, bei dem Du das ganze mal an einer reduzierten Anzahl an Artikeln testen könntest?

Hej...
also es soll an der größeren Anzahl liegen....
Allerdings kann man es tatsächlich anhand einiger Werte auf dem Server schaffen...
phpmaxexecutingtime - höher setzen
fcgidexecutingtime - ebenfalls höher sonst bringts nichts...

und dann in der
fcgid.conf
den Wert:
FcgidIOTimeout 300
festlegen...wenn das nicht hilft liegt es an was anderem...

bei mir klappts nun...die entwickler kämpfen aber wohl noch um dieses problem...